Historia tunelu tramwajowego pod Dworcem Głównym PKP sięga 1974 roku. Inwestycja rozpoczęła się podczas przebudowy układu torowego Dworca PKP. Inwestycja ta trwała do początku lat `90. Po paru latach przerwy w roku 1995 rozpoczęto prace nad budową tunelu w kierunku Ronda Mogilskiego. Prace prowadzono równocześnie z budową nowego układu drogowego na powierzchni (dzisiejsza ulica Lubomirskiego). Inwestycja zakończyła się w 1999 roku. Po kolejnej dłuższej przerwie od roku 2004 rozpoczęto prace nad przebudową Ronda Mogilskiego oraz budową tunelu tramwajowego od strony Politechniki Krakowskiej. Ostatecznie, rozpoczęta przed 34 laty inwestycja tunelu tramwajowego doczekała się uroczystego otwarcia w dniu 11.12.2008 roku. Podczas uroczystości prezentowano również dwa najmłodsze krakowskie tramwaje Bombardier NGT6-2 (#2049 ora #2050), które zakupione zostały specjalnie do obsługi Krakowskiego Szybkiego Tramwaju. Cały tunel ma długość prawie dwóch kilometrów i dwa przystanki - Dworzec Główny i Politechnika. Po uroczystym otwarciu w godzinach od 17 do 20 uruchomiona została specjalna, darmowa linia nr 90 kursująca na trasie Wieczysta - tunel - Dworzec Towarowy. Od dnia następnego tj. 12.12.2008 roku uruchomiona została pierwsza linia KST o numerze 50. Linia powstała w zamian za zlikwidowaną linię 34, która dotychczas kursowała na trasie między Kurdwanowem a Krowodrzą Górka przez ulicę Starowiślną i Pawią. Nową linię (50) skierowano przez tunel KST, Rondo Mogilskie i Rondo Grzegórzeckie. W przyszłości linia kursować ma przez most Kotlarski i Rybitwy.